Pasukan Marlins telah ditubuhkan pada tahun 1993 sebagai pasukan tambahan bersama dengan Colorado Rockies. Pasukan Marlins yang dikenali pada masa itu sebagai Florida Marlins memulakan aksi dengan hambar apabila merekodkan kekalahan dalam empat musim pertamanya tetapi pasukan ini juga pada masa yang sama mencatatkan peningkatan berperingkat. Marlins meraih rekod kemenangan pertama pada tahun 1997 dan layak ke postseason sebagai pemenang wild card NL. Marlins yang dibarisi pitcher Livan Hernandez, outfielder Gary Sheffield, second baseman Luis Castillo dan catcher Charles Johnson, Florida telah menewaskan San Francisco Giants dan Atlanta Braves untuk meneruskan kemaraan ke Siri Dunia pada tahun kelima semenjak penubuhan pasukan. Marlins kemudiannya mengecewakan Cleveland Indians dalam tujuh aksi siri yang ditentukan melalui pukulan single pada inning ke-11 perlawanan penentu. Walaupun Marlins memenangi siri, pasukan ini dilihat terus kehilangan duit apabila beberapa pemain utama pasukan telah meninggalkan pasukan pada musim berikutnya. Pada tahun 1998, Marlins juga mengalami 108 kekalahan dan terus bergelut sehingga menjelang abad ke-21.

Pada tahun 2003, Marlins sekali lagi layak ke postseason sebagai pemenang wild card dan kemaraan ini terus deras hingga ke Siri Dunia. Pitcher muda Josh Beckett dan Brad Penny menjadi harapan Marlins untuk merangkul kejuaraan Siri Dunia kedua dan pasukan ini akhirnya menewaskan finalis lain, New York Yankees dalam enam aksi permainan. Florida sekali lagi kehilangan pendapatannya selepas memenagi kejuaraan tetapi kemelut pasukan tidak seteruk seperti tahun 1998 apabila Marlins hanya terlepas aksi playoff pada tahun 2004. Pada dekad pertama abad ke-21, Marlins diberikan kredit dan reputasi kerana mengembangkan bakat pemain-pemain muda seperti pemain outfielder dan third baseman Miguel Cabrera, shortstop Hanley Ramirez, dan outfielder Giancarlo Stanton.

Pada tahun 2012, Marlins membuka stadium baru yang bernilai 500 juta dolar. Marlins memulakan kempen musim baru di bawah kendalian pengurus baru, Ozzie Guillen untuk meraih lebih banyak kejayaan dan perkara paling penting adalah untuk menarik minat dalam kalangan peminat dari South Florida yang semakin merosot. Walau bagaimanapun, musim pertama Marlins di bawah pengurusan baru tidak menemui hasil apabila mereka menduduki tempat terakhir dan jumlah kehadiran penonton juga mengecewakan. Guillen juga dipecat selepas hanya setahun mengendalikan pasukan. Pada tahun yang sama, Marlins telah menjual tiap-tiap pemain terbaik dan pemain yang menerima gaji tertinggi dalam pasukan. Keputusan ini telah membangkitkan kemarahan penyokong, yang berharap bahawa stadium baru dan kemasukan pemain berprofil tinggi menjadi petanda pasukan untuk bertumpu sebagai pasukan juara untuk mendapatkan keuntungan. Dengan kehilangan pemain-pemain berbakat, Marlins menjadi salah sebuah pasukan paling teruk di NL sebelum hanya menamatkan tiga perlawanan lagi iaitu dengan rekod .500 semasa musim 2016.

Kebangkitan singkat telah berlaku apabila pasukan ini dijual pada tahun 2017. Ketua operasi besbol Marlins, Derek Jeter pula telah menjual beberapa pemain muda ternama untuk memulakan usaha pemulihan semula pasukan. Pada tahun 2019, Marlins meletakkan rekod terburuk di NL (57–105). Pada musim berikutnya, yang dipendekkan akibat pandemik Covid-19, pasukan ini telah mengejutkan ramai pemerhati sukan apabila mereka kembali ke aksi playoff setelah kemarau 16 musim. Marlins memenangi aksi wild card sebelum mereka disingkirkan di siri divisyen. Dengan harapan tertinggi terhadap pasukan, Marlins malangnya melalui musim mengecewakan pada tahun 2021 apabila menduduki tangga terakhir di AL.